Giống như với sông Tigris, rất nhiều tranh cãi đã nổ ra trong việc sử dụng sông Euphrates. Kế hoạch đông nam Anatolia của Thổ Nhĩ Kỳ bao gồm việc xây dựng 22 đập nước và 19 nhà máy thủy điện tới năm 2005. Chiếc đập đầu tiên hoàn tất năm 1990, nhưng những đợt tấn công của tổ chức khủng bố PKK khiến dự án bị trì hoãn. Miền đông nam Thổ Nhĩ Kỳ hiện vẫn là một khu vực kém phát triển, càng làm trầm trọng thêm mối bất hòa của những người Kurd vốn là thiểu số trong vùng. Chính quyền Thổ Nhĩ Kỳ đã hy vọng dự án nói trên sẽ tạo động lực cho nền kinh tế vùng, nhưng những chỉ trích cả trong và ngoài nước về lợi ích cũng như các tác động tiêu cực về xã hội và môi trường đã khiến nổ ra những cuộc tranh cãi dữ dội.

Ở Syria, đập Tabaqah (hoàn thành năm 1973 và đôi khi được gọi đơn giản là đập Euphrates) tạo thành một hồ trữ nước nhân tạo, hồ Assad, được dùng để tưới nước cho các cánh đồng bông. Syria đã xây hai đập nước trên hai phụ lưu của Euphrates và đang dự kiến xây một đập nữa. Iraq hiện có sáu đập nước đang hoạt động. Ở cuối nguồn, Iraq không khỏi lo ngại rằng Syria và Thổ Nhĩ Kỳ sẽ dùng hết nguồn nước sạch trước khi nó chảy tới Iraq. Đến lượt mình, các hoạt động thủy điện ở miền nam Iraq khiến không còn bao nhiêu nước từ Euphrates chảy vào Tigris tại chỗ tạo nên dòng Shatt-al-Arab. Không ít lần những tranh cãi về nguồn nước đã biến thành xung đột ngoại giao và nghiêm trọng hơn, dẫn tới mối đe dọa chiến tranh.[6]